Na fase de pré-aceleração é trabalhada a capacitação dos empreendedores para que possam colocar suas ideias no mercado de forma rápida e eficiente. O objetivo desta etapa é transformar ideias inovadoras em negócios de alto impacto através de uma metodologia de capacitação intensiva, ou seja, o empreendedor pessoa física poderá se capacitar tecnicamente, além de estruturar e amadurecer sua solução para um problema de mercado por meio de capacitações, experimentos e orientação da equipe do Vírgula e dos seus parceiros. A pré-aceleração prepara a startup para o sucesso e para as etapas seguintes de aceleração e residência.

Essa é a fase na qual os candidatos conhecem os conceitos e práticas de Lean Startup para a identificação adequada de uma oportunidade de mercado e a proposição de uma solução em termos de tecnologia e modelagem de negócio para o aproveitamento da oportunidade. O programa, nesta modalidade, é composto pelas seguintes etapas: cadastramento em resposta a chamada; seleção (homologação da documentação e avaliação do pré-projeto); divulgação dos habilitados para a pré-aceleração; reunião de abertura; capacitação online; Demo Day (dia da apresentação do projeto).

Todas as etapas acima são eliminatórias. Os empreendedores individuais ou grupos de empreendedores que completarem o processo receberão um certificado de participação emitido pela Universidade Federal Fluminense (UFF), por meio do projeto de extensão Vírgula Startups.